在介紹了陰陽五行和陰陽兩氣源動學說之後，不得不講《黃帝內經》的又一重要理論——整體觀。古人認為天地間萬物不是孤立存在的，自然界中任何物與物之間，都是相互作用、相互影響，並依靠這個相互作用、相互影響而產生新的變化。整體觀在《黃帝內經》中主要表現在天地一體、人內一體及天人相應方面的觀念。
天地一體
「夫自古通天者生之本，本於陰陽。天地之間，六合之內，其氣九州、九竅、五藏、十二節，皆通乎天氣。」《素問?陰陽應象大論》指出，陰陽之氣，無論是地上的九州還是身體的九竅、五臟、十二節，都與自然陰陽之氣密切相通。所以古人認為天地本一體，萬物是相互聯繫的，具體說就是萬物與天地間季節和氣候的變化是有聯繫的，也就是中醫學中的四時六氣學說。
「四時」指每年的春、夏、秋、冬四季。《素問?至真要大論》明確指出，四季的變化是連續的，是在原有基礎之上發生髮展起來的，沒有溫熱，也無所謂寒冷，沒有生長，也無所謂收藏，也就無所謂第二年的再生長。正因為有了這些交替的進退變化，所以才產生了生命。「六氣」其含義之一就是自然界中風、寒、暑、濕、燥、火六種氣候。六氣變化，自然界的氣候才有可互相調節以利萬物的正常發育生長，並使整個自然界氣候形成一個有機的整體。
人內一體
《黃帝內經》將人體視為一個有機的統一體，五臟六腑之間、髒與腑之間、臟腑與體表形態之間都有直接或間接的聯繫。人的生理功能具有整體性，人體的各種臟器是相互協調、相互聯繫地維持著生命活動。「五臟相通，移皆有次。」說明臟腑整體相關，互為滋生、制約，保持動態平衡，病則因果聯動，相互傳變。
除了各器官的相通、相聯，人的生理與心理也是相互影響、相互作用的統一體。生理狀態決定心理狀態：「黃帝問曰：人之居處、動靜、勇怯，脈亦為之變乎？岐伯對曰：凡人之驚恐恚勞動靜，皆為變也」。心理狀態可影響生理狀態和病理狀態：「恬淡虛無，真氣從之，精神內守，病安從來」。
天人相應
《黃帝內經》認為「善言天者，必應於人」，認為自然界發展變化的一般原理同人體生理髮展的一般規律具有一致性。「天」相當於自然界，「應」有適合、符合之義，「應，物相應也。」天人相應理論的核心思想就是把天、地、人統一起來，作為一個整體來看待，把人作為天的一個子系統，強調人與天的相應性。人與天地相參，與自然界息息相通，根本在於人之陰陽與天之陰陽之間的相通應：「陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也，治病必求於本。」
《黃帝內經》充分認識到宇宙時間節律的重要性，根據「天人相應」理論，以「陰陽四時」為基礎，把時間這一因素引入了治療學中，諸如藥物體內代謝過程、外源性治療方法導入的最佳時間等。隨著現代化研究手段不斷完善《黃帝內經》「天人相應」理論及時間治療學思想被不斷賦予新的內涵，由此產生了一門新興的臨床學科——時間治療學。此學科依據人的體溫、脈搏、血壓、血糖、基礎代謝、內分泌、經絡電勢等隨外界環境周期的節律性變化，進而對疾病採取擇時治療以取得事半功倍的療效。
人生活在自然界這個大系統中，「以天地之氣生，四時之法成」，對於疾病的治療只有把人體的臟腑組織功能狀態的改變與四時五行的運行規律統籌考慮，才能達到「順天之時，而病可與期」的最佳治療效果。
同時，《黃帝內經》在對病因、病機、局部病變和整體狀況的關係、各種治療方法的關係等方面的論述，鮮明地表達了整體思維的特徵。局部病變反映整體狀況：「以我知彼，以表知里，以觀過與不及之理，見微得過，用之不殆。」「遠者，司外揣內；近者，司內揣外。」「知標本者，萬舉萬當；不知標本，是為妄行」。「標」和「本」的範疇是對疾病過程中各種矛盾的主次、先後、輕重、緩急等本質聯繫的哲學抽象。「本」是指矛盾的主要方面或主要矛盾，是對疾病性質的概括和總結；「標」是指矛盾的次要方面或次要矛盾，是對疾病現象的反映和表達。對病機的探究應「謹守病機，各司其屬」；對病因的追尋應「伏其所主，而先其所因」。臨床診療上要注意「司外揣內」、「見微知著」、「以常衡變」、「標本治則」、「急則治標」、「緩則治本」、「標本同治」、「正治反治」等原則。
《黃帝內經》認為世界不僅是聯繫的整體，還是運動的整體。「夫物之生，從於化，物之極，由乎變，變化之相薄，成敗之所由也……成敗倚伏生乎動，動而不已，則變作矣。」《黃帝內經》在當時人體解剖結構認識還比較粗淺的情況下，用意象思維的方法，以體表功能為主揭示內臟功能，從功能角度來把握生命規律。
《黃帝內經》的整體觀是在樸素的辯證法思想指導下認識世界規律，同時將這種認識應用到臨床診治上的理論。只有學會整體地看待疾病進程，才能進一步理解中醫學中的治病原則。相信隨著獲得更多科學的佐證性證據，會有更多臨床醫生投身到學習《黃帝內經》整體觀理論的隊伍中，並將中醫時間治療學等思想應用於實踐。
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